集齐单细胞RNA测序,空间转录组学空间转录组(ST)、多路复用离子束成像(MIBI),移植瘤模型CRISPR致癌基因筛选,和10个皮肤鳞癌病人的新鲜肿瘤组织和正常组织配对标本,召唤出一篇CELL。
为了确定皮肤鳞状细胞癌(cSCC)的细胞组成和结构，该研究团队对10对配对的人体鳞状细胞癌和匹配的正常皮肤的单细胞RNA测序、空间转录组和多路离子束成像。cSCC表现出四个肿瘤亚群，三个再现正常表皮状态，以及一个定位于一个纤维血管边缘的肿瘤特异性角化细胞(TSK)群。单细胞和空间转录数据的整合映射了特定细胞类型的配体-受体网络，揭示了TSK细胞作为细胞间通信的枢纽。观察到多种可能的免疫抑制特征，包括T调节性细胞(Treg)与CD8T细胞在分化的肿瘤间质中共定位。最后，人类肿瘤异种移植物的单细胞特性和体内CRISPR筛选确定了特异性肿瘤富集基因亚群和相互作用网络在肿瘤发生中的重要作用。。
整合高维多组学方法来描述人皮肤鳞状细胞癌，确定了肿瘤特异性角化细胞群体以及肿瘤的免疫浸润和异质性景观特征，并通过移植瘤模型和CRISPR基因魔剪筛选出潜在可靶向的肿瘤驱动基因。
病人样本处理流程的scRNA-seq,MIBI，和ST整合的异种移植物CRISPR筛查
多么稀疏平常的工作流程,数据量大致从后面的12页彩图可见一斑。。。
建议大家自己好好阅读吧，小编已经尽力了。。。。
Jietal.,MultimodalAnalysisofCompositionandSpatialArchitectureinHumanSquamousCellCarcinoma.,Cell,1–18
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